Jordan DIJOUX, doctorant accueilli par eRcane grâce au dispositif CIFRE, a soutenu sa thèse le 19 novembre 2024 à l’Université de Montpellier. Cette thèse s’inscrivait dans le cadre d’une collaboration entre eRcane et deux équipes du Cirad (UMRs AGAP et PHIM). Intitulée « Caractérisation de la résistance de la canne à sucre à la rouille orangée causée par Puccinia kuehnii et diversité génétique de l’agent pathogène », sa thèse marque une étape clé dans la compréhension et la gestion de cette maladie émergente qui impacte depuis peu la canne à sucre à La Réunion et ailleurs dans le monde.
Les travaux de Jordan avaient pour objectif d’acquérir des connaissances sur l’impact de la rouille orangée sur le rendement, sur les bases génétiques de la résistance chez la canne ainsi que sur la diversité génétique de l’agent causal de la maladie. L’étude d’essais variétaux en conditions naturelles d’infection à La Réunion a montré des pertes de rendement dues à la maladie pouvant atteindre plus de 20% dans les zones les plus humides de l’île. Ensuite, des approches de marquage moléculaire du génome ont permis d’identifier dans des variétés hybrides modernes six régions chromosomiques porteuses d’allèles de résistance (QTLs), majoritairement issues du sous-génome ancestral sauvage (Saccharum spontaneum). Enfin, l’exploration de la diversité génétique mondiale de la rouille orangée a révélé des divergences entre les isolats des hémisphères Est et Ouest du globe, ainsi qu’une importante diversité génétique de l’agent pathogène à La Réunion.
Toutes ces nouvelles connaissances serviront au développement de robustes stratégies d’amélioration de la résistance génétique de la canne à sucre à la rouille orangée.
Le jury a félicité Jordan DIJOUX pour la qualité et la rigueur de son travail, et a souligné les avancées significatives obtenues dans la compréhension du pathosystème canne à sucre-rouille orangée.
L’équipe Création variétale d’eRcane a désormais le plaisir d’accueillir Jordan en tant que jeune docteur et sélectionneur, où il poursuivra ses recherches sur les aspects de phytopathologie de la canne à sucre.
Publications issues des travaux de thèse :
Effects of orange rust on sugarcane yield traits in a multi-environment breeding program (https://doi.org/10.1007/s12355-021-00998-0)
Unveiling the predominance of Saccharum spontaneum alleles for resistance to orange rust in sugarcane using genome-wide association (https://doi.org/10.1007/s00122-024-04583-3)
Identification of Puccinia kuehnii, the Causal Agent of Orange Rust of Sugarcane, in Gabon (https://doi.org/10.1007/s12355-024-01446-5)